عندما سقطت الخرطوم عاصمة العهد التركي في السودان على يد الأمام محمد أحمد المهدي في يناير / كانون الثاني 1885 م، وقتل حاكم السودان آنذاك غوردون باشا، كان معسكر المهدى في منطقة إبي سعد بأم درمان، ورفض المهدي أن يتخذ من الخرطوم عاصمة له فوقع اختياره على أم درمان لتكون عاصمة دولته الجديدة، وقد قيل في اختياره لموقع أم درمان بأنه كان قد خرج مع جماعة من أصحابه وهو على جمل أطلق له العنان فسار به الجمل إلى شمال إبي سعد حتى برك في الموقع الذي توجد فيه الآن قبة المهدي (ضريح المهدي)، فبنى عليها المهدى حجرة من الطين.ولما توفي دفنه أصحابه في حجرته تلك تمشياً بما فعله صحابة النبي محمد (ص) في المسجد النبوي بالمدينة المنورة.
أقام كبار أنصار المهدي من أمراء وقادة في قصور الدولة وبيوت الأعيان في حي المسجد بينما أقام المهدي في قصر يسمى «قصر الجاركوك» وكان قريباً من المسجد، وسكن الخليفة عبد الله التعايشي في سراي الحكمدار، أما أهالي الخرطوم فقد تم جمعهم في الطرف الجنوبي من المدينة، ولم تستمر إقامة قادة المهدية طويلاً في الخرطوم حيث انتقلوا إلى أم درمان التي اتخذوها مقراً جديدا للحكم في السودان في مايو / أيار من عام 1885 م.