ORF3c

ORF3c
معرفات
الكائن	SARS-CoV-2
الرمز	ORF3c
يونيبروت	P0DTG1
معلومات أخرى

ORF3c هو جين يتواجد في الجُنيس فيروسات كورونا البائية السارسية (Sarbecovirus) التي تشمل سارس-كوف وسارس-كوف-2. تم تحديده أول مرة في جينوم سارس-كوف-2 ويشفر بروتينا لابنيويا طوله 41 حمض أميني غير معروف الوظيفة.^[1]^[2]^[3] وهو متواجد كذلك في جينوم سارس-كوف لكن لم يتم التعرف عليه حتى تم تحديد نديده في سارس-كوف-2.^[4]

التسمية

كان هنالك خلط كبير في المنشورات العلمية حول التسمية المستخدمة للإشارة إلى البروتينات الملحقة لسارس-كوف-2، خاصة تسمية عدة جينات متداخلة في الـORF3a.^[4] أشير إلى البروتين المحتمل إنتاجه من جين ORF3c على الأقل مرة واحدة «بالبروتين 3b»،^[5] لكن لا يجب خلطه مع ناتج الجين ORF3b غير المماثل له.^[4] وُصف هذا الجين كذلك بأسماء مثل "ORF3h"^[2] وORF3a.iORF1.‏^[6] التسمية الموصى بها لهذا الجين في سارس-كوف-2 هي ORF3c.^[4]

علم الجينوم المقارن

ORF3c هو جين متداخل يتداخل إطاره المفتوح مع كل من ORF3a وORF3d في جينوم سارس-كوف-2. ويشكل هذا الأمر مثالا نادرا على إمكانية وجود ثلاث إطارات قراءة مفتوحة في نفس التسلسل تشفر بروتينات وظيفية.^[4]^[7]

تقترح تحاليل المعلوماتية الحيوية لتسلسلات فيروسات كورونا البائية السارسية أن تسلسل وطول ORF3c محفوظين جيدا، وتشير إلى أنه على الأرجح يشفر بروتينا وظيفيا.^[1]^[2]^[3] ويبدو أنه عرضة وهدف لاصفاء تنقية ^{[الإنجليزية]}.^[1]^[7]

الخصائص

أكدت تجارب برفلة الريبوسوم أن جين ORF3c يُعبر عن ناتج جيني.^[6] يُعتقد أن هذا البروتين القصير نسبيا الذي طوله 41 حمض أميني يحتوي على نطاق عبر غشائي يملك ميزات تقترح بأنه فيروبورين.^[2]

مراجع

^ ^ا ^ب ^ج Firth، Andrew E. (1 أكتوبر 2020). "A putative new SARS-CoV protein, 3c, encoded in an ORF overlapping ORF3a". Journal of General Virology. ج. 101 ع. 10: 1085–1089. DOI:10.1099/jgv.0.001469.
^ ^ا ^ب ^ج ^د Cagliani، Rachele؛ Forni، Diego؛ Clerici، Mario؛ Sironi، Manuela (سبتمبر 2020). "Coding potential and sequence conservation of SARS-CoV-2 and related animal viruses". Infection, Genetics and Evolution. ج. 83: 104353. DOI:10.1016/j.meegid.2020.104353. PMC:7199688.
^ ^ا ^ب Jungreis، Irwin؛ Sealfon، Rachel؛ Kellis، Manolis (ديسمبر 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. ج. 12 ع. 1: 2642. DOI:10.1038/s41467-021-22905-7. hdl:1721.1/130581.
^ ^ا ^ب ^ج ^د ^ه Jungreis، Irwin؛ Nelson، Chase W.؛ Ardern، Zachary؛ Finkel، Yaara؛ Krogan، Nevan J.؛ Sato، Kei؛ Ziebuhr، John؛ Stern-Ginossar، Noam؛ Pavesi، Angelo؛ Firth، Andrew E.؛ Gorbalenya، Alexander E.؛ Kellis، Manolis (يونيو 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. ج. 558: 145–151. DOI:10.1016/j.virol.2021.02.013. hdl:1721.1/130363.
^ Pavesi، Angelo (يوليو 2020). "New insights into the evolutionary features of viral overlapping genes by discriminant analysis". Virology. ج. 546: 51–66. DOI:10.1016/j.virol.2020.03.007. PMC:7157939.
^ ^ا ^ب Finkel، Yaara؛ Mizrahi، Orel؛ Nachshon، Aharon؛ Weingarten-Gabbay، Shira؛ Morgenstern، David؛ Yahalom-Ronen، Yfat؛ Tamir، Hadas؛ Achdout، Hagit؛ Stein، Dana؛ Israeli، Ofir؛ Beth-Din، Adi؛ Melamed، Sharon؛ Weiss، Shay؛ Israely، Tomer؛ Paran، Nir؛ Schwartz، Michal؛ Stern-Ginossar، Noam (7 يناير 2021). "The coding capacity of SARS-CoV-2". Nature. ج. 589 ع. 7840: 125–130. DOI:10.1038/s41586-020-2739-1.
^ ^ا ^ب Nelson، Chase W؛ Ardern، Zachary؛ Goldberg، Tony L؛ Meng، Chen؛ Kuo، Chen-Hao؛ Ludwig، Christina؛ Kolokotronis، Sergios-Orestis؛ Wei، Xinzhu (1 أكتوبر 2020). "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic". eLife. ج. 9: e59633. DOI:10.7554/eLife.59633. PMC:7655111.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)

[firth_2020-1] ا ^ب ^ج Firth، Andrew E. (1 أكتوبر 2020). "A putative new SARS-CoV protein, 3c, encoded in an ORF overlapping ORF3a". Journal of General Virology. ج. 101 ع. 10: 1085–1089. DOI:10.1099/jgv.0.001469.

[cagliani_2020-2] ا ^ب ^ج ^د Cagliani، Rachele؛ Forni، Diego؛ Clerici، Mario؛ Sironi، Manuela (سبتمبر 2020). "Coding potential and sequence conservation of SARS-CoV-2 and related animal viruses". Infection, Genetics and Evolution. ج. 83: 104353. DOI:10.1016/j.meegid.2020.104353. PMC:7199688.

[jungreis_2021_natcom-3] ا ^ب Jungreis، Irwin؛ Sealfon، Rachel؛ Kellis، Manolis (ديسمبر 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. ج. 12 ع. 1: 2642. DOI:10.1038/s41467-021-22905-7. hdl:1721.1/130581.

[jungreis_2021-4] ا ^ب ^ج ^د ^ه Jungreis، Irwin؛ Nelson، Chase W.؛ Ardern، Zachary؛ Finkel، Yaara؛ Krogan، Nevan J.؛ Sato، Kei؛ Ziebuhr، John؛ Stern-Ginossar، Noam؛ Pavesi، Angelo؛ Firth، Andrew E.؛ Gorbalenya، Alexander E.؛ Kellis، Manolis (يونيو 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. ج. 558: 145–151. DOI:10.1016/j.virol.2021.02.013. hdl:1721.1/130363.

[pavesi_2020-5] Pavesi، Angelo (يوليو 2020). "New insights into the evolutionary features of viral overlapping genes by discriminant analysis". Virology. ج. 546: 51–66. DOI:10.1016/j.virol.2020.03.007. PMC:7157939.

[finkel_2021-6] ا ^ب Finkel، Yaara؛ Mizrahi، Orel؛ Nachshon، Aharon؛ Weingarten-Gabbay، Shira؛ Morgenstern، David؛ Yahalom-Ronen، Yfat؛ Tamir، Hadas؛ Achdout، Hagit؛ Stein، Dana؛ Israeli، Ofir؛ Beth-Din، Adi؛ Melamed، Sharon؛ Weiss، Shay؛ Israely، Tomer؛ Paran، Nir؛ Schwartz، Michal؛ Stern-Ginossar، Noam (7 يناير 2021). "The coding capacity of SARS-CoV-2". Nature. ج. 589 ع. 7840: 125–130. DOI:10.1038/s41586-020-2739-1.

[nelson_2020-7] ا ^ب Nelson، Chase W؛ Ardern، Zachary؛ Goldberg، Tony L؛ Meng، Chen؛ Kuo، Chen-Hao؛ Ludwig، Christina؛ Kolokotronis، Sergios-Orestis؛ Wei، Xinzhu (1 أكتوبر 2020). "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic". eLife. ج. 9: e59633. DOI:10.7554/eLife.59633. PMC:7655111.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]