نظام اللغة الطبية الموحدة

معلومات عامة
تاريخ النشر	1986
موقع الويب	nlm.nih.gov…

إن نظام اللغة الطبية الموحدة (UMLS) هو الخلاصة للعديد من المفردات التي تم ضبطها في العلوم الطبية الحيوية (أنشئ عام 1986 ^[1]).حيث يزود بمخطط بنيوي ضمن هذه المفردات مما يمكن الشخص من الترجمة بين مختلف أنظمة علوم المصطلحات. ويمكن النظر إليه أيضا كقاموس شامل وكعلم وجود للمفاهيم الطبية الحيوية. وإضافة لذلك يستطيع (UMLS) أن يؤمن سهولة حتى في عمليات الترجمة العادية. وهو مخصص للاستخدام بشكل رئيسي من قبل متعهدي نظام المعلوماتية الطبية. يحتوي (UMLS) على مصادر للمعلومات (قاعدة بيانات) ومجموعة من أدوات البرمجة الحاسوبية.تم تصميم هذا النظام ورعايته من قبل المكتبة الطبية الوطنية في الولايات المتحدة ويتم تحديثه كل ثلاثة أشهر ويمكن استخدامه مجانا. وقد بدأ هذا المشروع عام 1986 من قبل Donald A.B.Lindberg و M.D بعده وهو المدير الحالي للمكتبة الوطنية.

الهدف والتطبيقات

إن عدد المصادر الطبية الحيوية المتاحة للباحثين كبير جدا وغالبا ما يشكل هذا مشكلة تعود للحجم الهائل من الملفات المسترجعة عند إجراء مراجعة للأدب الطبي. إن هدف (UMLS) هو تحسين الوصول إلى هذا الأدب عن طريق تبسيط أنظمة الكومبيوتر المتطورة التي تعنى بفهم اللغة الطبية الحيوية. ويتحقق ذلك بالتغلب على حاجزين مهمين اختلاف الطرق التي تظهر نفس المفاهيم في مختلف المصادر الآلية المقروءة ومن قبل أناس مختلفين) و (وتوزع المعلومات المفيدة وسط عدة قواعد بيانات وأنظمة مختلفة).

الترخيص

يتعين على مستخدمي النظام التسجيل في اتفاقية UMLS وملء سجلات استخدام مختصرة سنويا. ويمكن للمستخدمين من الأكادميين استخدام UMLS بشكل حر ودون تسجيل بهدف إجراء الأبحاث. ويحتاج المنتجون وأصحاب الإعلانات التجارية لتراخيص حقوق طبع لبعض المفردات المتحدة المصدر.

مصادر المعلومات

الميتاثيسورس (Metathesaurus)

يشكل ال Metathesaurus حجر الأساس للUMLS ويضم أكثر من مليون مفهوم طبي حيوي وخمس ملايين من أسماء المفاهيم التي ينحدر كل منها من أكثر من مئة من المفردات المضبوطة المندمجة ومن أنظمة التصنيف. بعض الأمثلة على المفردات المضبوطة المندمجة هي:المراجعة العاشرة للتصنيف الدولي للأمراض، نظام فهرسة المواضيع الطبية، تسمية منهجية للطب ^{[لغات أخرى]}‏, الدليل التشخيصي والإحصائي للاضطرابات النفسية، أسماء ورموز معرفات الملاحظة المنطقية، WHO Adverse Drug Reaction Terminology، UK Clinical Terms, ركسنورم ^{[لغات أخرى]}‏, علم الوجود الجيني، and الوراثة المندلية البشرية عبر الإنترنت (انظر كامل القائمة).

تم تصميم القاموس (Metathesurus) عبر مفاهيم ولكل مفهوم صفات خاصة تعرف بمعناه وارتباطاته بأسماء المفاهيم المتعلقة به في مصادر المفردات المختلفة. العلاقات المتعددة بين المفاهيم تتواجد بحالة وحدات متدرجة هرميا مثل (isa) للفئات الفرعية (تحت الصفوف) و (is part of) (جزء من).للوحدات الفرعية والمستويات المرافقة مثل (is caused by) (مسبب ب) أو (in the literature often occurs close to) (في الادب غالبا ما تكون قريبة ل) والأخير مشتق من (medline) وهو (مختصر خط ارتجاع النشرات الطبية)

إن المجال في (Metathesaurus) يحدد بالمجال في مصدر المفردات. فإذا استخدمت المفردات المختلفة أسماء مختلفة لنفس المفهوم أو إذا استخدمت نفس الاسم لمفاهيم مختلفة عندها يمكن أن يتواجد ذلك بشكل موثوق في (Metathesaurus) كل المعلومات الهرمية التسلسل من مصادر المفردات محفوظة في (Metathesaurus) إن المفاهيم في (Metathesaurus) يمكن أيضا أن تربط بمصادر خارج قاعدة البيانات من أجل حالة التسلسل الجيني لقاعدة البيانات.

شبكة دلالات الألفاظ (Semantic Network)

كل مفهوم في ال (Metathesaurus) معني بنمط أو أكثر من أصناف دراسة دلالات الألفاظ والتي ترتبط كل واحدة مع الأخرى عبر علاقات دلالات الألفاظ.^[2] شبكة (semantic Network) هي الدليل لهذه الأنماط والعلاقات من دلالات الألفاظ وهي أكثر من ذلك تعتبر كتصنيف واسع حيث أنه هناك 135 نمط من دلالات الألفاظ و54 علاقة بالمجمل

الأنماط الكبيرة في دلالات الألفاظ هي:الكائنات الحية -التراكيب التشريحية -الوظيفة البيولوجية -المواد الكيميائية -الأحداث -الأمور الفيزيائية -والمفاهيم والأفكار. إن العلاقات بين أنماط دلالات الألفاظ تحدد تركيب أو بنية الشبكة وتظهر العلاقات الهامة بين التجمعات والمفاهيم.^[2]

الرابط الأساسي بين أنماط دلالات الألفاظ هو الرابط (isa) مؤسسا للأنماط التسلسلية الهرمية. وللشبكة أيضا خمسة أصناف كبيرة من العلاقات غيرالتسلسلية أو الترابطية التي تشكل الخمسة وثلاثون الباقية من أنماط العلاقات، وهذه العلاقات هي:

متعلق جسديا ب (physically related to).
متعلق مكانيا ب (spatially related to).
متعلق زمانيا ب (temporally related to).
متعلق وظيفيا ب (functionally related to).
متعلق كمفهوم ب (conceptually related to).

تتضمن المعلومات عن أنماط دلالات الألفاظ (semantic): المعرف به -التعريف - الأمثلة -المعلومات التسلسلية حول نمط دلالات الألفاظ المحيط بالمعنى والعلاقات المرافقة. وهذه العلاقات المرافقة ضمن شبكة دلالات الألفاظ ضعيفة جدا فهي غالبا ما تقيد بعض العلاقات مثلا: إنها تقيد حقيقة أن التأكيدات القريبة والمماثلة ذات مغزى (لذلك فهي ليست صحيحة بالضرورة في كل الحالات) وكمثال على العلاقات المترابطة (may -cause) (يمكن أن يسبب) وهو المطبق على العبارات (تدخين -سرطان الرئة)وهو ما يمكن أن ينتج:(Smoking "may cause " lung cacer) (التدخين يمكن أن يسبب سرطان الرئة).

القاموس الاختصاصي (Specialist lexicon)

يحتوي القاموس الاختصاصي على معلومات حول المفردات الإنجليزية الشائعة والتعابير الطبية الحيوية والمصطلحات الموجودة في (MEDLINE) وتلك الموجودة في (UMLS Metathesaurus) ويحتوي كل مدخل على معلومات نحوية (كيف توضع الكلمات مع بعضها لتشكل معنى) وشكلية (الصيغة والتركيب) وإملائية (التهجئة). وتستخدم مجموعة (جاوة (جزيرة)) للبرمجيات هذا القاموس لتعمل عبر الاختلافات النصية الطبية الحيوية عن طريق ربط الكلمات بمكانها في الجملة والذي يمكن أن يكون عاملا مساعدا في عمليات البحث عبر الويب أو السجلات الطبية الالكترونية. يمكن أن تكون المداخل عبارة عن كلمة واحدة أو تعابير متعذدة الكلمات. وتحتوي السجلات على أربع أقسام: الصيغة الأساسية مثل run -for -running) و الدور في الكلام (ويمير فيها الاختصاصي إحدى عشر نوعا) والمزيد من التعاريف. وأية تغيرات متاحة في التهجئة. على سبيل المثال: إن طلب الاستفسار عن كلمة "anesthetic"(المخدر) يعود كالآتي:

{ base=anaesthetic
spelling_variant=anesthetic
entry=E0008769
 cat=noun
 variants=reg
}
{ base=anaesthetic
spelling_variant=anesthetic
entry=E0008770
 cat=adj
 variants=inv
 position=attrib(3)
}

(Browne et al., 2000) ^[3]

القاموس الاختصاصي (SPECIALIST) متوفر بتصميمين: تصميم (unit record) (سجل الوحدة) ويمكن رؤيته في الأعلى ويشمل (fillers and slots) (slots) هو العنصر مثل (base) أو (spelling variant) الأساس أو متغيرات التهجئة و (fillers) هي القيم المنسوبة لذلك ال (slot) في ذلك المدخل. وتصميم (relational table) الجدول المتعلق. وهذا لم يتم تطبيعه بعد ويحوي على كمية كبيرة من البيانات العاطلة في الملفات.

التناقضات وبقية الأخطاء

ضمن الحجم والتعقيد في UMLS وسياستها المتساهلة في تأليف التعابير فإن الأخطاء هي أمر حتمي.^[4] وتتضمن هذه الأخطاء الغموض والزيادة الفائضة في حلقة العلاقات التسلسلية (كأن يكون المفهوم هو كل من الاصل والفرع للآخر) (ancester and descendant) أوفقدان الأصول أي أن تكون أنماط دلالات الألفاظ في مفاهيم السلف والخلف غير مترابطة (child /parent) ودلالات الألفاظ المتعاكسة (علاقة الفرع والأصل مع أنماط دلالات الألفاظ لا تتمتع بثبات مع المفاهيم).^[5]

وقد تم اكتشاف هذه الأخطاء وحلها عن طريق إجراء مراجعة لUMLS. والمراجعة اليدوية يمكن أن تستهلك وقتا طويلا وتكون مكلفة. تم تهيئة الأبحاث لتصنيف القضايا عبر عدة طرق ويمكن استخدام الادوات الآلية في البحث عن الأخطاء وبالنسبة للتناقضات البنيوية كالحلقات فإن حل بسيط يعتمد على الطلب (order) يمكن أن ينفع وربما نفس الحل لا يمكن تطبيقه عندما يكون التناقض في مستوى المصطلح أو المفهوم (وجود المصطلح ضمن معنى خاص في سياق الكلام)^[6] وهذا يتطلب إستراتيجية بحث معرفية مطلعة (معلومات توضيحية).

أدوات البرمجة الداعمة

بالإضافة لمصادر المعلومات قامت المكتبة الوطنية للطب أيضا بإضافة أدوات داعمة:Metamorpho Sys لتعديل Metathesaurus من أجل التطبيقات الخاصة عن طريق إيجاد حالة تستثني مصادر المفردات المحددة برنامج (Ivg) الإلكتروني الذي يستخدم قاموس SPECIALIST لإنشاء المتغيرات القاموسية للمصطلح المطروح ولدعم إعرابه في اختبار اللغة العادية أداة Meta Map online والتي عند إعطائها جزء من مقطع صعب تجد وترجع للمفاهيم المتعلقة به في (Metathesurus) (Meta Map Transfer)(MMTx-java) وهو تطبيق من تطبيقات Meta Map والذي لم يدعم طويلا (Knowledge source server -web based) مقاربة للمفردات. ولكن تم الاستغناء عنه عام 2010 ^[1]

مجموعة البرمجة الثالثة

المشابهة لUMLS وهي حزمة برمجة مفتوحة المصادر والتي زودت بأدوات قياسية في دلالات الألفاظ المتشابهة والمترابطة (UMLS similarity web interface) هو الوسيط على الشبكة للبرنامج UMLS similarity

المصادر

^ ^ا ^ب ^ Unified Medical Language System, 1996
^ ^ا ^ب ^ Jump up to: a b National Library of Medicine (2009). "Chapter 5 - Semantic Networks". UMLS Reference Manual. Bethesda, MD: U.S. National Library of Medicine, National Institutes of Health.
^ Browne, McCray and Srinivasan (2000). The Specialist Lexicon. Lister Hill National Center for Biomedical Communications, National Library of Medicine, Bethesda, MD, p. 1. نسخة محفوظة 30 يناير 2017 على موقع واي باك مشين.
^ ^ Morrey, CP; Geller, J; Halper, M; Perl, Y (2009). "The Neighborhood Auditing Tool: A hybrid interface for auditing the UMLS". Journal of Biomedical Informatics 42 (3): 468–489. doi:10.1016/j.jbi.2009.01.006. PMC 2891659. ببمد: 19475725.
^ ^ Geller, J; Morrey, CP; Xu, J; Halper, M; Elhanan, G; Perl, Y; Hripcsack, G (2009). "Comparing Inconsistent Relationship Configurations Indicating UMLS Errors". AMIA Annu Symp Proc 2009: 193–197. PMC 2815406. ببمد: 20351848.
^ ^ Zhu, Xinxin; Fan, Jung-Wei; Baorto, David M.; Weng, Chunhua; Cimino, James J. (2009). "A review of auditing methods applied to the content of controlled biomedical terminologies". Journal of Biomedical Informatics 42 (3): 413–425. doi:10.1016/j.jbi.2009.03.003. ببمد: 19285571.

قراءة إضافية

Bodenreider, Olivier. (2004) The Unified Medical Language System (UMLS): integrating biomedical terminology. Nucleic Acids Research, 32, D267-D270.
Kumar, Anand and Smith, Barry (2003) The Unified Medical Language System and the Gene Ontology: Some Critical Reflections, in: KI 2003: Advances in Artificial Intelligence (Lecture Notes in Artificial Intelligence 2821), Berlin: Springer, 135–148.
Smith, Barry Kumar, Anand and Schulze-Kremer, Steffen (2004) Revising the UMLS Semantic Network, in M. Fieschi, et al. (eds.), Medinfo 2004, Amsterdam: IOS Press, 1700.
Coiera، Enrico (2003). "Chapter 17 - Healthcare terminologies and classification systems". (ط. 2nd). Modder, Arnold. {{استشهاد بكتاب}}: الوسيط |title= غير موجود أو فارغ (مساعدة) والوسيط غير المعروف |عنوان الكتاب= تم تجاهله (مساعدة)
Mougin، Fleur؛ Bodenreider، Oliver (2005). "Approaches to Eliminating Cycles in the UMLS Metathesaurus: Naïve vs. Formal". AMIA Annual Symposium Proceedings: 550–554. PMC:1560864. PMID:16779100.

روابط خارجية

Official UMLS site
UMLS Summary description, with links to factsheets and documentation for Metathesaurus, Semantic Network, SPECIALIST Lexicon and MetamorphoSys
UMLS Overview and Tutorial, by Rachel Kleinsorge, Jan Willis, Allen Browne, Alan Aronson
A Perl module to query a UMLS mysql installation

[ReferenceA-1] ا ^ب ^ Unified Medical Language System, 1996

[Medicine_2009-2] ا ^ب ^ Jump up to: a b National Library of Medicine (2009). "Chapter 5 - Semantic Networks". UMLS Reference Manual. Bethesda, MD: U.S. National Library of Medicine, National Institutes of Health.

[3] Browne, McCray and Srinivasan (2000). The Specialist Lexicon. Lister Hill National Center for Biomedical Communications, National Library of Medicine, Bethesda, MD, p. 1. نسخة محفوظة 30 يناير 2017 على موقع واي باك مشين.

[4] Morrey, CP; Geller, J; Halper, M; Perl, Y (2009). "The Neighborhood Auditing Tool: A hybrid interface for auditing the UMLS". Journal of Biomedical Informatics 42 (3): 468–489. doi:10.1016/j.jbi.2009.01.006. PMC 2891659. ببمد: 19475725.

[5] Geller, J; Morrey, CP; Xu, J; Halper, M; Elhanan, G; Perl, Y; Hripcsack, G (2009). "Comparing Inconsistent Relationship Configurations Indicating UMLS Errors". AMIA Annu Symp Proc 2009: 193–197. PMC 2815406. ببمد: 20351848.

[6] Zhu, Xinxin; Fan, Jung-Wei; Baorto, David M.; Weng, Chunhua; Cimino, James J. (2009). "A review of auditing methods applied to the content of controlled biomedical terminologies". Journal of Biomedical Informatics 42 (3): 413–425. doi:10.1016/j.jbi.2009.03.003. ببمد: 19285571.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]